Η βιοψία γίνεται με τη βοήθεια υπερήχων από το ορθό (διορθικό υπερηχογράφημα) με νευροληπτοαναλγησία (μέθη ) ή με διήθηση των νευρων του προστάτη με τοπικό αναισθητικό.

Χρησιμοποιείται ένα ειδικό πιστόλι βιοψιών για να ληφθούν μικρά κομμάτια προστάτη (σαν λεπτά μακαρονάκια μήκους 2cm) τα οποία αποτελούν το βιοπτικό υλικό.

Η βιοψία του προστάτη γίνεται είτε από ύποπτες περιοχές (που ψηλαφώνται ή  φαίνονται στο υπερηχογράφημα) είτε τυχαία (random biopsies) με χαρτογράφηση ώστε να γίνεται έλεγχος διαφόρων περιοχών του οργάνου.

 Μια αρνητική βιοψία δεν αποκλείει την ύπαρξη καρκίνου στο όργανο αλλά μειώνει σε μεγάλο βαθμό τις πιθανότητες να υπάρχει. Οι τυχαίες βιοψίες δεν αποκλείουν την ύπαρξη καρκίνου σε γειτονική περιοχή.

Σε περιπτώσεις αρνητικής βιοψίας ειδικό νέο γονιδιακό τεστ το PCA3 στηρίζει τη λήψη της απόφασης για επόμενη βιοψία. Όσο υψηλότερος ο βαθμός PCA3 τόσο μεγαλύτερη η πιθανότητα για θετική βιοψία.

 Συνήθως λαμβάνονται 12 δείγματα ιστού, αλλά μπορεί να ληφθούν και περισσότερα ανάλογα με το μέγεθος του προστάτη ή έαν είναι επαναληπτική βιοψία

Ο ασθενής δεν νοσηλεύεται