Η λήψη των δειγμάτων στη βιοψία προστάτη γίνεται είτε διαπερινεϊκά  (περιοχή ανάμεσα σε όσχεο και στον πρωκτό) είτε διορθικά, συνήθως υπό νευροληπτοαναλγησία (μέθη) ή λιγότερο συχνά υπό γενική αναισθησία ή με διήθηση των νεύρων του προστάτη με τοπικό αναισθητικό.

Με τη βοήθεια των εικόνων που απεικονίζουν τις ύποπτες βλάβες στην Πολυπαραμετρική Μαγνητική του Προστάτη και ταυτόχρονα με  τη χρήση υπερήχων από το ορθό (διορθικό υπερηχογράφημα), γίνεται συνδυαστικά (Fusion)  στοχευμένη (Targeted)  λήψη δειγμάτων δια βελόνας,  με ειδικό πιστόλι βιοψιών.

Το βιοπτικό υλικό αποτελείται από μικρά τεμάχια προστάτη (σαν λεπτά μακαρονάκια μήκους 2cm) . Συνήθως λαμβάνονται >20  δείγματα ιστού, ανάλογα  με τον αριθμό των ύποπτων βλαβών και το μέγεθος του προστάτη.

Εκτός από τη στοχευμένη λήψη δειγμάτων από  ύποπτες περιοχές (με βάση τη χαρτογράφηση της  Πολυπαραμετρικής Μαγνητικής ή υπόηχων περιοχών που φαίνονται στο διορθικό υπέρηχο ) πραγματοποιούνται δειγματοληπτικά βιοψίες (random biopsies) και  από τις υπόλοιπες μη ύποπτες απεικονιστικά περιοχές του προστάτη ώστε  ο έλεγχος να είναι πλήρης

 Μια αρνητική βιοψία δεν αποκλείει την ύπαρξη καρκίνου στο όργανο, ο οποίος ωστόσο αν δεν ανιχνευθεί θα είναι σε πολύ πρώιμο στάδιο κλινικά μη σημαντικό.

Σε περιπτώσεις αρνητικής βιοψίας η παρακολούθηση του ασθενούς συνεχίζεται με τακτικό έλεγχο PSA και επανάληψη της Πολυπαραμετρικής Μαγνητικής στα επόμενα 2 έτη.  Ανάλογα με τα ευρήματα, τη διακύμανση του PSA και την κλινική συνεκτίμηση, μπορεί να επαναληφθεί εκ νέου βιοψία

 Ο ασθενής δεν νοσηλεύεται και πάντα καλύπτεται με αντιβιοτική αγωγή διεγχειρητικά και κατά περίπτωση προεγχειρητικά.